Comment des laboratoires traquent les nouveaux variants du coronavirus
En France, des laboratoires sont chargés de surveiller les nouveaux variants du virus grâce à une technique bien particulière : le séquençage génomique. Exemple au pôle microbiologie de l’hôpital Henri-Mondor de Créteil (94).
Derrière les machines et les microscopes de ce laboratoire se cache un important système de surveillance. Chaque jour, les équipes reçoivent près de 1000 tests PCR à analyser. Il s’agit en premier lieu de savoir si le patient est infecté par la Covid.
Si c’est le cas, le personnel poursuit son enquête. Chaque semaine, il passe près de 200 échantillons positifs au séquençage génomique pour établir la carte d’identité des virus et détecter de nouveaux variants.
Séquencer le génome pour repérer les mutations du virus
« Le génome, c’est un peu comme si c’était un grand mot de 30 000 lettres, explique le Dr Christophe Rodriguez, virologue et directeur de la plateforme génomique de l’hôpital. Ce que le séquenceur va nous donner, c’est l’ordre dans lequel elles apparaissent pour chaque patient. »
C’est à partir de cette succession de lettres que le Dr Slim Fourati, virologue, peut détecter les différents variants. « D’un patient à un autre, on va avoir certains changements de séquence à des positions bien spécifiques qui vont nous permettre d’identifier certaines mutations qui sont spécifiques d’un variant ou d’un autre. »
Des informations capitales pour les autorités sanitaires
Si de nouveaux variants plus contagieux sont détectés, les autorités peuvent décider de renforcer les mesures sanitaires et d’adapter la stratégie de vaccination. Le laboratoire vérifie aussi que les tests de diagnostic continuent à bien détecter tous les variants. Il peut enfin mettre à jour de nouvelles mutations.
