Covid : un nouveau criblage pour mieux surveiller le variant Delta
Pour mieux traquer les variants, en particulier le variant Delta ou variant indien, les autorités sanitaires adoptent une nouvelle stratégie de surveillance génétique plus précise qu'auparavant. Explications.
Comment mieux traquer le variant Delta ? La question se pose aujourd’hui en France, alors que le Royaume-Uni décale d’un mois son protocole de déconfinement, à cause de la propagation de ce variant dit "indien".
Et pour y répondre, Santé publique France a mis en place une nouvelle stratégie de surveillance des variants. L’objectif : traquer de façon "plus précise" et "plus réactive" la progression de formes préoccupantes du coronavirus sur le territoire.
Trois mutations ciblées
Depuis le 14 juin, il n’est ainsi plus question de variant "anglais", "sud-africain" ou "indien", mais de trois mutations d’intérêt, présentes dans plusieurs variants : E484K, E484Q et L452R. Ces mutations seront repérées grâce à un test de criblage.
De quoi s’agit-il ? Le criblage est une technique dite de "PCR acrobatique" qui consiste à reconnaître grossièrement une souche de virus par rapport à une autre. Concrètement, il indique si oui ou non l’une des trois mutations recherchées est présente dans le prélèvement analysé. Le test de criblage sera donc positif ou négatif pour une mutation donnée.
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Détecter le variant indien
Ce n’est pas nouveau : depuis l’arrivée du variant Alpha (britannique) en janvier dernier sur le territoire français, tout test PCR positif donne lieu à un second test PCR de criblage. Mais jusqu’ici, la méthode de criblage utilisée était loin d’être précise et peinait à distinguer les nouveaux variants.
Pire, elle n’arrivait pas à détecter le variant Delta pourtant au centre des préoccupations actuelles. Ce sera désormais possible car l’une des mutations visées par le nouveau criblage, la mutation L452R, est portée par ce variant.
"Suspicion" de présence
Une amélioration, donc, mais la méthode est encore loin d’être parfaite. D’abord parce qu’un test de criblage positif n’est pas synonyme de détection de variant. Il indique uniquement qu’il y a "suspicion" de la présence d’un variant préoccupant.
Ensuite, une même mutation peut être présente sur plusieurs variants. C’est le cas de la mutation E484K présente à la fois dans les variants Beta (brésilien) et Gamma (sud-africain). Avec un simple criblage, il est toujours impossible de les différencier et donc de suivre leur évolution de façon individualisée.
Séquençage contre criblage
La meilleure technique pour repérer un variant reste le séquençage, qui consiste à analyser l'ensemble de l’ARN du virus. Mais cette technologie est plus chère, et beaucoup plus longue que le criblage. Et en France, les séquençages sont rares et "dépourvus de coordination nationale", confiait à Allodocteurs le professeur Philippe Froguel, généticien au CHU de Lille.
Le seul comptage réalisé est celui des enquêtes flash de l’Inserm, "réalisées toutes les deux ou trois semaines et qui nécessitent trois semaines pour publier des résultats", observait le scientifique.
Ne plus courir après les variants
Une course après les variants, qui engendre selon lui un risque de perte de contrôle. C’est par exemple ce qu'il s'est passé à Dax, "où le variant indien a été identifié un mois après le diagnostic du patient" rappelait encore le professeur Froguel.
Le criblage, qui prend moins d’une journée quand un séquençage nécessite une semaine, pourrait constituer un pis-aller pour rattraper ce type de retard et activer à temps une stratégie adaptée pour casser les chaînes de contamination des variants préoccupants.
